Думаю, это защита от ветра и пыли при бодрствовании и от любой случайной фигни во время сна.

Т.е. может быть, что мы, люди, делаем это сознательно, а собака, возможно, не умеет сознательно зажмуриваться. Но механизм есть и у нас, и у собаки. Просто мы его приспособили для своих нужд, но эволюционно он возник не для этого.